A mediados de 1906 comenzaron las obras de construcción de la línea de la CGBA —a cargo de los ingenieros Brousse, Cilley, Giagnoni, Girodias, Hesbert y Krause— en Buenos Aires y Rosario y en enero de 1908 se autorizó en forma provisoria la circulación de trenes de pasajeros y cargas en la línea de estación Buenos Aires a Rosario, con lo cual también esta estación quedó inaugurada.
Los intereses de algunos dueños de campos lograron que la estación se instale a unos 4 km del lugar donde debía estar (el pueblo de Pontevedra), y finalmente se erigió allí el 30 de julio de 1907.2 Desde sus inicios llevó el nombre de Pontevedra. Años más tarde, cuando se produce una corrección de los límites entre los partidos de Merlo y La Matanza, se observa que la estación Pontevedra queda dentro de La Matanza, mientras que el pueblo de Pontevedra dentro de Merlo. En consecuencia, en 1949 se le impone a la estación el nombre de 20 de Junio.
El 13 de marzo de 1993 se suprimió el último servicio de pasajeros regular que pasaba por esta estación,45 y a partir de esa fecha sólo hubo servicios especiales y esporádicos, como un coche motor de la empresa Metropolitano que circuló en 1999 deteniéndose en esta estación. Luego de esa fecha se sucedieron una serie de robos y vandalismos en la sección entre esta estación y González Catán que impidieron el acceso de material rodante, lo cual llevó a que la traza desde este punto hasta la estación Pergamino quedara abandonada hasta 2002, cuando surgió la Asociación Ferroviaria Belgrano Sur y tomó la custodia de la misma realizando tareas de mantenimiento en forma voluntaria.
En 2014 se había anunciado la restitución de la traza hasta Marcos Paz, quedando 20 de Junio dentro del recorrido. No fue así hasta mediados de 2018 cuando comenzaron las obras de rehabilitación y mejoramiento del tramo entre González Catán y 20 de Junio, consistentes en la reposición de vías y reconstrucción de terraplenes,78 en una tarea llevada a cabo por los trabajadores ferroviarios, con apoyo de la Unión Ferroviaria, la gerencia de la Línea Belgrano Sur y Trenes Argentinos.
A comienzos de julio de 2019, un camión de vía y obra de Trenes Argentinos volvió a conectar la estación, poniendo fin a años sin tráfico ferroviario en la zona.10 En octubre, se realizó un viaje de prueba para evaluar la infraestructura del tramo. El 25 de noviembre de 2019 se realizó un acto de inauguración con la llegada de una formación, y finalmente el 2 de diciembre empezó a sumarse al servicio de pasajeros.
La estación opera dentro de un servicio especial que la une con la estación González Catán en un viaje de 22 minutos y, a través de un trasbordo en esta última, tiene conexión con el resto de la Línea Belgrano Sur, con cabecera la estación Sáenz en la Ciudad de Buenos Aires.
La arquitectura de la estación 20 de Junio es francesa, ya que dicha estación fue construida por la Compañía General de Ferrocarriles en la Provincia de Buenos Aires (CGBA, llamada a menudo Compañía General de Buenos Aires) era una empresa de capitales franceses, formada en 1904, que operó una red de ferrocarriles de trocha angosta (de un metro) en Argentina, durante la primera mitad del Siglo XX. Su nombre en francés era Compagnie Générale de Chemins de Fer dans la Province de Buenos Aires.
Coche motor fabricados en Tianjin, China, por el actual fabricante CRRC, desde el 01/07/2015, ya que fue el resultado de la fusión de los dos mayores fabricantes de material ferroviario del gigante asiático: CSR y CNR, siendo este último, quien fabricó estos coches motores, las unidades cuentan entre otras cosas, con aire acondicionado y furgón para bicicletas, debido a la falta de material rodante en la línea y que este tramo es de baja cantidad de publico, pronto serán reemplazados por coches motores Alerce Emepa, de fabricación nacional, (Grupo Emepa en Chascomús, Provincia de Buenos Aires), que originalmente fueron comprados para un servicio diferencial en el Belgrano Norte,y luego suspendido ese servicio, el coche motor Alerce tienen comodidades similares a los anteriores pero sin contar con furgón para bicicletas, detalle muy impórtate para tener en cuenta con un servicio que llega a zonas rurales.
Locomotora de vía y obra encargada de transportar durmientes y operarios a Marcos Paz,
Renovación de durmientes en el tramo 20 de Junio - Marcos Paz.
Luego de 26 años, el tren de pasajeros volvió a conectar Gonzáles Catán con 20 de junio.
Homenaje al ultimo Jefe de Estación, Adolfo Rubén Garialde, quien junto a su esposa mantuvo y preservo el edificio luego de la clausura del ramal, en marzo de 1993, durante la presidencia de Carlos Saúl Menem, presidente que privatizo y destruyo los ferrocarriles en Argentina.
En la estación 20 de Junio luce siempre la bandera argentina.
La estación de tren conserva el encanto de antaño, casi como detenida en el tiempo.
Anden elevado provisorio, sin modificar la fachada original del edificio de la estación.
Reloj Paul Garnier, Jean-Paul Garnier, fue un relojero y mecánico francés del siglo XIX, conocido por proporcionar relojes de estaciones de ferrocarril en Francia y Rumania.
Carteles originales, perfectamente restaurados.
Nuestra Señora de Luján, en 1944 fue declarada patrona de las rutas argentinas y en 1948 de los Ferrocarriles Argentinos, en cuyas estaciones se multiplicaron las imágenes entronizadas de la Virgen.